制備型液相色譜儀的分離目的是從混合物中得到純物質。為了縮短分離時間和提高分離效率，制備型液相色譜的的進樣品量很大，導致色譜柱的分離負荷相應加大，因此必須加大色譜柱填料，增大柱內徑和柱長，使用的流動相相對增多。然而，當色譜柱上的樣品負載加大時，往往會導致柱效急劇下降而得不到純產品。制備型液相色譜要解決容量與柱效之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說，要少用填料，少用溶劑，盡可能多的得到產品。

　　一、樣品的前處理：

　　制備型液相色譜柱分離的樣品多，比分析型液相色譜柱更容易受污染，樣品前處理非常必要。

　　二、TFA在緩沖液中的作用：

　　1、TFA起到類似離子對的作用，一般濃度在0.05%～0.1%。濃度過高會使溶液偏酸，長時間使用可能影響色譜柱壽命。

　　2、TFA可抑制硅膠表面的硅醇基，改善堿性化合物的峰形。若0.1%TFA分離不好，可加大濃度到0.2%，但用完后要及時沖洗色譜柱。

　　3、走梯度時走成基線漂移，但對制備影響不大。

　　三、降低柱壓的方法：

　　采用1%乙酸水溶液和甲醇二元梯度。

　　四、提高檢測下限的方法：

　　1、如果是等度洗脫，一定要改成單元等度。

　　2、盡量采用乙腈－水系統洗脫。乙腈紫外吸收小，相同條件下噪音小。

　　五、用水要求：

　　不含金屬離子和細菌。